El Museo fue creado mediante Ley de la República No. 5619, del 4 de diciembre de 1974, reformada por la Ley No. 6572 del 23 de abril de 1981. El Museo lleva el nombre de “Juan Santamaría” en honor al Héroe Nacional, cuya gesta heroica se concreta el 11 de abril de 1856 en Rivas, Nicaragua. El 9 de abril de 1980, el Museo abre sus puertas a la comunidad local y nacional. Este museo es el único en el país especializado en el tema de la Campaña Nacional de 1856-57 contra el invasor filibustero.

El Museo tiene su sede en los edificios conocidos como “Antigua cárcel de Alajuela”, una edificación construida entre 1894 y 1895 y “Antiguo Cuartel de Armas de la ciudad de Alajuela, también edificado en el siglo XIX. Los dos edificios fueron declarados de interés histórico - patrimonial: Decreto No. 9951-C del 5 de marzo de 1979 y Decreto No.6358 del 9 de setiembre de 1976.

• Colecciones y exhibiciones:

• Exhibición permanente: Está dedicada a la Campaña Nacional de 1856-1857. Esta fue una guerra centroamericana contra los invasores filibusteros, jefeados por William Walker. Tiene además una sección dedicada a los acontecimientos de setiembre de 1860, cuando don Juan Rafael Mora Porras desembarca, junto con un puñado de hombres afines a su pensamiento, en el puerto de Puntarenas con el fin de retomar el poder, del cual había sido expulsado por un golpe de estado en 1859.

• Exhibiciones temporales: El Museo dispone de varias salas de exposiciones temporales. Hasta el mes de diciembre del 2010, está abierta al público la exposición gráfica documental “Luces y sombras”, sobre los 114 años de la electrificación de la ciudad de Alajuela y los 61 años de creación del Instituto Costarricense de Turismo.

Durante octubre está la exposición de pinturas “Eco-vida” de la joven artista alajuelense Juliana Herrera Castro.

A partir de noviembre del 2010 hasta enero del 2011, un colectivo de artistas de Osa, Puntarenas, expondrá en el museo.

Del 14 de octubre al 18 de diciembre trece artistas de distinta nacionalidad (Cuba, Nicaragua, Colombia, Canadá, Costa Rica) expondrán una muestra colectiva (pintura y escultura).

Colecciones:
En la actualidad, las colecciones del Museo se encuentran organizadas en doce secciones y están determinadas por las múltiples narrativas de la historia de la Campaña Nacional de 1856-1857. El Museo asume la historia de la Campaña Nacional de 1856-1857 a través de los hitos de este proceso, enmarcado dentro del contexto histórico republicano; además cuenta con acervo del patrimonio cultural alajuelense.

El Museo cuenta con un importante acervo bibliográfico sobre la historia de la Campaña Nacional de 1856-1857, de la historia republicana de Costa Rica, de museología y museografía, además una importante colección de periódicos costarricenses que abarca desde los años 1940 hasta el año 2000 y una fototeca.

• Educación y Promoción Cultural

• Programa educativo: Es uno de los programas más consolidados del Museo. Permite que todas las actividades educativas que se realizan en el Museo y fuera de su sede, sean accesibles, estén en función de los distintos públicos, tengan un contenido didáctico y mantengan vigente en la memoria colectiva del pueblo costarricense, la gesta heroica protagonizada contra el invasor filibustero en 1856-1857. Además, coadyuva a la educación formal costarricense, debido a que la temática principal: “Campaña Nacional de 1856-1857”, forma parte de los programas oficiales del Ministerio de Educación Pública, que se imparten en las escuelas y colegios del país.

• Promoción Cultural: Refleja la vocación social del Museo y los esfuerzos por hacer de éste un auténtico Centro Cultural de la Comunidad. Por medio de la acción cultural el Museo no solo invita al disfrute de los servicios que brinda, sino también estimula la participación activa de los diferentes sectores de la comunidad en una relación permanente y estrecha entre ésta y la institución, propiamente dicha. Aquí convergen los más variados intereses culturales que suscitan el placer y la emoción, pero también el debate y la confrontación de ideas. Es un mundo de posibilidades y realizaciones, en donde la participación de la comunidad tiene un carácter protagónico más que una acción consensual. La promoción cultural en el Museo es una explosión de ideas, intereses y gustos, expresión espontánea de sus usuarios.

• Servicios con que cuenta el museo

Ofrece el Auditorio “Juan Rafael Mora Porras” con capacidad para 190 personas, luces, sonido, equipo de multimedia y vestidores. El auditorio está concebido como un espacio polifuncional, en donde se pueden montar obras de teatro de cámara de embocadura, de pequeñas compañías escénicas, conciertos, conferencias, etc.

• Centro de documentación e información: el Museo pone a disposición del público en general, estudiantes e investigadores una biblioteca especializada sobre la Campaña Nacional de 1856-1857. Además posee documentación museológica, genealogías de la ciudad de Alajuela e Historia de Costa Rica en general. Ofrece una sala para investigadores y otra de lectura en general.

• Para el 4 de diciembre del 2010, el Museo espera contar con un anfiteatro en la zona central y un elevador panorámico principalmente para las personas con necesidades especiales. Se tiene planificado dos espacios que serán dedicados uno al café y el otro para tienda.

• Agenda de actividades de Educación y Promoción Cultural 2011

1. Jornada cívico- histórica. Aniversario de la Gesta 1856-1857: es una jornada que se extenderá en los meses de marzo y abril en conmemoración a las Batallas de Santa Rosa y Rivas, incluye charlas y visitas guiadas.

2. Semana Francisca Carrasco: será una jornada de una semana con actividades enfocadas en el papel de la mujer en la sociedad actual. Consta de charlas, conciertos, exposiciones de artesanías, talleres y otras actividades.

3. Visitas guiadas “Conozcamos el Museo”: serán visitas guiadas llevadas a cabo por actores, que van dirigiendo al visitante por medio de las salas de exhibición, enfocando su discurso en la historia de Alajuela, de la Campaña Nacional y los edificios sede del Museo: la Antigua Cárcel y el Antiguo Cuartel de Armas.

4. Celebración de 229 años de fundación de la ciudad de Alajuela: Se realizará en el mes de octubre para invitar al ciudadano alajuelense a festejar su historia y su identidad, por medio de diferentes actividades como teatro, poesía, cuentacuentos y otras.

5. Jornada Navideña (37 aniversario del Museo): será una celebración navideña que se aúna a la celebración del 37 aniversario de la ley de creación del Museo el 04 de diciembre: Incluye actividades como noche de villancicos, cuentacuentos, títeres, música costarricense y teatro.

6. El Mural de todos: consistirá en un proyecto de arte de los visitantes del Museo, pues éstos tendrán la posibilidad de tomar pinceles y acuarelas y pintar en el Mural. Cada uno tiene un tema distinto relacionado con la cultura y la identidad Alajuelense. Al finalizar cada obra, se anota cada uno de los nombres de los participantes como coautores.

7. Taller “Ruta de los Héroes”: son talleres de capacitación para educadores con el fin de mejorar la calidad de la enseñanza en el tema de la Campaña Nacional. Para el año 2011 se realizarán en Santa Rosa, San Isidro del General y Puntarenas.

8. Teatro al medio día: se trata de presentaciones de teatro, música, canto, danza, cuentacuentos y otros, que se realizarán al medio día los días jueves. El espectáculo tiene una duración de 50 minutos, como una forma de invitar a ciudadanos a acercarse a disfrutar del arte en un horario accesible para muchos trabajadores del casco central.

9. Talleres de Promoción Artística: se trata de talleres gratuitos que se impartirán en el Museo para ciudadanos que desean participar y aprender de artes como el teatro, la danza y la música.

10. Actividades diversas: en las instalaciones del Museo (corredores, jardín central, salones educativos y Auditorio) se realizan diversas actividades a lo largo del año organizadas por la comunidad o distintas instituciones. Estas van desde conciertos hasta charlas, exposiciones de distinta índole, conferencias, seminarios, talleres, actividades educativas, capacitaciones, encuentros culturales, etc. de manera que el Museo funciona como facilitador.