El Museo Nacional de Costa Rica cuenta con una gran variedad de colecciones, principalmente de las temáticas de antropología, historia de Costa Rica e historia natural.

Estas colecciones dan vida a las exhibiciones permanentes y temporales del Museo Nacional. En ocasiones algunas piezas son prestadas a otros museos para su exhibición en el país y también para exhibiciones internacionales.

Son la base de los proyectos de investigación del museo y se facilitan a estudiantes e investigadores externos para estudios especializados y publicaciones.

Gracias a las investigaciones, las donaciones y la compra, las colecciones del museo se incrementan con frecuencia, de acuerdo con las políticas institucionales de adquisición de colecciones.