El museo ofrece al público una serie de servicios complementarios a las exhibiciones. Entre ellos talleres, charlas, conferencias y visitas guiadas a las salas de exhibición. Edita dos revistas especializadas: Vínculos (antropológica) y Brenesia (biodiversidad) y un boletín institucional. Publica material informativo sobre diversos temas en antropología, historia de Costa Rica e historia natural. Además, realiza actividades de animación sociocultural y ofrece los servicios de biblioteca y audiovisuales.

Otros servicios especializados son las asesorías en el área de arqueología, tales como los peritajes, los estudios de impacto arqueológico y la autorización y asesoría para la exportación de reproducciones y artesanías modernas.