Fue inaugurado el 12 de febrero de 1976

Abarca como tema principal los Recursos Naturales de El Salvador, y divide sus temáticas entres grandes salas: Geología, Paleontología y Biología. El MUHNES tiene como objetivo contribuir a la conservación de la diversidad biológica a través de la generación de información escrita, que de a conocer los componentes de la naturaleza y la vida silvestre en el país.

Presenta colecciones de Rocas y Minerales, Paleontología, Mastozoología, Ornitología, Herpetología, Malacología y Botánica. . Se brindan charlas referentes a los contenidos del museo, servicio de guías gratuito dentro del museo y en los senderos interpretativos del parque, se montan exposiciones itinerantes y cuenta con los servicios de una biblioteca especializada y una cafetería.

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