El Museo posee la colección de referencia de los insectos más extensa e importante de Nicaragua. Posee 500,000 especímenes pertenecientes a más de 10,000 especies. Apoya el estudio entomológico del país convirtiéndose en una herramienta básica para el proyecto de inventario de la fauna entolomológica de Nicaragua. A pesar de ser un museo pequeño, está concebido sobre el modelo de los principales museos de este tipo en el mundo.

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