Constituye uno de los cuatro componentes del proyecto de creación del Museo de Ciencias Naturales de la Universidad Centroamericana (UCA).  Dispone de una colección de más de 70,000 colectas con un promedio de cuatro duplicados de todos los ecosistemas del país; 20,000 especímenes como material de herbario, siendo la colección más grande del país y el principal sitio de referencia de plantas; 30 especímenes tipos, reporte de 56 especies endémicas con una colección de 35 especímenes.

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