Este Museo constituye uno de los cuatro componentes del proyecto de creación del Museo de Ciencias Naturales de la Universidad Centroamericana (UCA). Alberga muestras de colecciones científicas de nuestra diversidad faunística nacional. Se encuentran unos 900 especímenes, entre ellos de aves, moluscos, reptiles, anfibios, mamíferos y peces, algunas colecciones tienen hasta más de cuarenta años de existencia. Ofrece bibliografía disponible a investigadores y estudiantes.