La exposición del museo se divide en tres salas: Sala Sur, se expone la cerámica indígena de Ometepe dispuestas en los diferentes períodos precolombinos. En la Sala del Centro, se exponen los diferentes tipos de urnas funerarias y se exhibe un entierro de un chamán que incluye una pieza de oro.  En la Sala Norte, se exhiben todos los tipos de herramientas de piedra, pedernal y oxidiana, al igual que los diferentes tipos de piedras de moler y petroglifos.  La población se involucra donando piezas encontradas en distintas partes de la Isla.

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